水下清淤船利用船动力带动水泵，产生高压水流进入喷水管，通过安装喷水管上的喷水枪射出水流，将沉积河底的淤泥吹搅成混浊的水状，随河水流走，从而起到清淤作用。
在喷水管设有相通的固定管和活动管，固定管和活动管上各设有喷水枪，活动管与固定管可折叠密封配合。当船行驰至桥墩或较窄河面时，可以将喷水管的活动管折叠起来以方便行驰，而固定管上的喷水枪继续喷射水流。

在较宽河面时，则将活动管展开，使活动管与固定管上的喷水枪同时喷射水流来清理淤泥。从而避免了喷水管的长度受桥墩和船体大小限制，操作灵活，大大提高了使用效率和清淤效果。